３Ｄ撮影ではスライス方向にもエンコードが行われ、実行するスライスエンコーディングの回数により、１つのスラブ内に任意のスライス数を設定できる。この場合のスキャン時間は次のように設定される。 ３ＤｓｃａｎｔｉｍｅＴＲ×位相エンコーディング数×スライスエンコーディング数×ＮＥＸ３Ｄで収集した画像は、スライス間のギャップがなくてもクロストークアーチファクトが発生せず、薄い隣接スライスを収集できるのである。
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