ＭＲＩの信号強度は、Ｘ線ＣＴにおけるＣＴ値とは異なり、同一被写体であっても測定の条件のよって変わり得るので、画像上のピクセル値は、対象ボクセルからの信号強度値を元にした相対的な値でしかない。この信号強度値に影響を与える因子としては、生体組織に由来するもの、パルス系列の選択およびそのパラメータ、そして装置の調整状態に基づくものなどを挙げることができる。生体組織のプロトン密度・Ｔ１値・Ｔ２値、流れに関する情報、拡散係数などが生体組織固有の因子であり、パルス系列の種類とＴＥ・フリップ角・ＦＯＶ・スライス厚などがコントロール可能なスキャンパラメータである。さらに、静磁場強度およびその均一度、ＲＦパルス送信の精度、コイルの感度、受信系の増幅度、チューニングの状態などが装置に依存するものである。
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