ある分子中の原子核の磁場は、付近に存在する原子核によって作られる磁場の影響を受け、同じ原子核であっても周囲の環境によりわずかに共鳴周波数の違いが生じる（化学シフト、chemical shift）。そのシフトの大きさと信号強度から生体内の分子の種類・成分などを調べることができ、原子核の中でプロトン１Ｈを利用したものを１Ｈ－ＮＭＲスペクトロスコピー、３１Ｐを利用したものを３１Ｐ－ＮＭＲスペクトロスコピーという。
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