電磁石（超電導、常電導）あるいは永久磁石が用いられる。常電導磁石では通常４個の大きな空芯コイルを球状に配する構造となっているが、使用電力の大半が熱になってしまうため、コイルの内腔に水を流して冷却する。常電動磁石は最大０．２Ｔ程度の静磁場を得ることができる。超電導磁石では数Ｔまでの高均一磁場が得られるため、明瞭な画像が得られ、ＭＲＳやＭＴＣ、拡散画像などでも有利である。電力消費は通電時のみでよいが、超電導状態を維持するために、常に液体ヘリウムによる冷却が欠かせない。永久磁石は最大０．３Ｔ程度の静磁場を供給する。電力も液体ヘリウムも必要としないので経済的である。超電導磁石や常電導磁石を利用したＭＲＩ装置のほとんどは、静磁場方向（一般に、ＢoあるいはＺ方向とされる）が患者の長軸方向と一致する。これに対し、永久磁石や一部の常電導磁石を利用したＭＲＩ装置（また最近発売され始めたオープン型の超電導装置）では静磁場方向は患者の長軸と直交する。
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